Schweitzers musikalische Begabung zeigte sich schon sehr früh: Mit fünf erhielt er bereits Klavierunterricht, mit acht Jahren begann er Orgel zu spielen. Schon als Neunjähriger durfte er den Organisten im Gottesdienst vertreten. Zur Meisterschaft auf der Orgel brachte es Schweitzer vor allem unter der Anleitung der Organistenbrüder Eugen und Ernst Münch und später durch den berühmten Pariser Orgelvirtuosen Charles Marie Widor. Sie waren es auch, die seine Begeisterung für die Musik Bachs weckten.
Albert Schweitzer war ein bekannter Organist und einer der für das 20. Jahrhundert stilbildenden Interpreten der Musik Johann Sebastian Bachs. Albert Schweitzer entdeckte Bach als „Dichter und Maler in Musik“. In seinen umfangreichen Büchern über die Musik Bachs arbeitete er heraus, wie Bach „das Gefühlsmäßige wie das Bildliche“, das in den Worten der zugrunde liegenden Texte zum Ausdruck kommt, „mit größtmöglicher Lebendigkeit und Deutlichkeit in dem Material der Töne“ wiedergibt.
Auf seinen Konzertreisen lernte Schweitzer viele Orgeln kennen und kam dabei zur Einsicht, dass die moderne Fabrikorgel in klanglicher Hinsicht eher einen Rückschritt bedeutete. Eingehend studierte er von nun an zusätzlich den Orgelbau und wurde ein allseits geachteter Orgelbauexperte.
Die Orgel war für ihn das vollkommene Instrument, das „etwas von der Art des Ewigen an sich hat“. Vielerorts wurde er als Gutachter alter Orgeln angefordert. Es gelang ihm, gar manche vor dem Abriss zu bewahren.
