1913 gründete Albert Schweitzer mit seiner Frau Helene auf der Missionsstation der Pariser Evangelischen Mission in Andende (Lambarene) ein Spital für die unter vielen Krankheiten leidende afrikanische Bevölkerung der Region. Nach vier Jahren im Urwald musste das Ehepaar Schweitzer als deutsche Staatsbürger die französische Kolonie Gabun verlassen und wurde in Südfrankreich interniert, bevor sie ins Elsass zurückkehren konnten.
1924 kehrte Schweitzer allein nach Lambarene zurück, baute das Spital wieder auf und erweiterte es. Doch schon ein Jahr später beschloss er, die Missionsstation zu verlassen und drei Kilometer flussaufwärts von Andende ein Krankenhaus auf eigenem Grund und Boden zu errichten. Dieses Krankenhaus, das den „Urwalddoktor“ in der ganzen Welt bekannt machen sollte, wurde im Januar 1927 eingeweiht und blieb über den Tod Schweitzers im Jahre 1965 hinaus in Betrieb. Zu ihm gehört das in den 1950er Jahren unter anderem mit dem Geld des Friedensnobelpreises gebaute Lepradorf.
Mitte der 1970er Jahre entsprach dieses Spital trotz vieler Erneuerungsmaßnahmen nicht mehr den Anforderungen. Nur durch einen Neubau, der 1981 eingeweiht wurde, konnte der Fortbestand des Krankenhauses und damit des Werkes Schweitzers in Lambarene gesichert werden.
Trägerin des Spitals ist eine 1974 gegründete internationale Stiftung, der Betrieb wird neben den Eigeneinnahmen aus der medizinischen Tätigkeit vor allem durch den Staat Gabun sowie durch Unterstützung von Hilfsvereinen aus Europa finanziert.
Trotz des Baus eines staatlichen Regionalkrankenhauses in Lambarene in jüngster Vergangenheit spielt das Albert-Schweitzer-Spital nach wie vor eine wichtige Rolle im gabunischen Gesundheitswesen und weist in einigen Bereichen überregionale Bedeutung auf.
Das Jahr 2017 verzeichnete mehr als 5.000 stationäre Aufnahmen und fast 24.000 ambulante Behandlungen, wobei vor allem die Kinderklinik und die vor einigen Jahren neu gebaute Geburtenstation mit etwa 1.000 Geburten jährlich gut ausgelastet sind.