«Arzt wollte ich werden, um ohne irgendein Reden wirken zu können.»
Aus Dankbarkeit für das ihm zuteil gewordene Glück beschloss Schweitzer als einundzwanzigjähriger Student, ab dem dreißigsten Lebensjahr seine ganze Kraft für „ein unmittelbar menschliches, wenn auch noch so unscheinbares Dienen“ einzusetzen. Solches verstand er als sein Ja zum Nachfolgeaufruf Jesu. Obwohl sich ihm später eine Doppelkarriere als erfolgreicher Universitätsdozent und gefragter Orgelvirtuose aufgetan hatte, blieb er seinem früheren Gelübde treu. Er wollte nicht länger nur von der „Religion der Liebe“ reden, sondern sie im Tun verwirklichen.
Nach einigen Umwegen geriet er an einen Aufruf der Kongomission, die auf den dringenden Bedarf an Ärzten in Äquatorialafrika aufmerksam machte. Daraufhin nahm Schweitzer, ein Medizinstudium in Angriff, um sich für eine solche Aufgabe zu qualifizieren – gegen den massiven Protest seiner Verwandten und Bekannten, die wenig Verständnis für diesen Schritt aufbrachten. Mit seiner Promotion zum Dr. med. und einer tropenmedizinischen Zusatzausbildung war für ihn der Weg nach Afrika frei.
Im Jahr 1913 gründete Albert Schweitzer zusammen mit seiner Frau Helene auf dem Gelände der Pariser Evangelischen Mission in Andende ein Urwaldspital. Weil nicht einmal eine einfache Wellblechbaracke vorhanden war, machte er einen verlassenen Hühnerstall zu seinem ersten Behandlungs- und Operationsraum. Die Kranken mussten in einem alten Bootsschuppen untergebracht werden.
„Aber was bedeuten alle diese vorübergehenden Widerwärtigkeiten im Vergleich zu der Freude: hier wirken und helfen zu dürfen!“ – so schrieb er. „Für den Arzt, welch ein Elend! Geschwüre, Aussatz, Schlafkrankheit mit ihren entsetzlichen Schmerzen.- … Und wie dankbar sind sie, wenn man ihre Geschwüre verbindet!“
Im Ersten Weltkrieg wurden die Schweitzers in der französischen Kolonie Gabun als Deutsche zu Feinden erklärt, nach Frankreich gebracht und gefangengesetzt. Anfang der 20er Jahre gelang es Albert Schweitzer dank der Unterstützung des schwedischen Bischofs Nathan Söderblom mit Konzerten und Vorträgen soviel Geld zu sammeln, dass er nach Afrika zurückkehren konnte. Dort baute er das inzwischen weitgehend zerfallene Spital mit großem Einsatz wieder auf.
Die Zahl der Patienten nahm währenddessen ständig zu: Operationen der häufigen eingeklemmten Leistenbrüche, die Behandlung von Malaria, von Schlafkrankheit oder von Elefantiasis waren ebenso an der Tagesordnung wie das tägliche Desinfizieren und Verbinden schwerer Fußgeschwüre oder die Versorgung Leprakranker.
Zudem wurden die Familien der Patienten auf dem Gelände des Spitals beherbergt sowie zahlreiche Tiere, die zumeist als Findlinge dort eine fürsorgliche Aufnahme und Pflege fanden. Daher musste Schweitzer auch für die nötigen Lebensmittel aus eigenen Pflanzungen Sorge tragen oder aus der Umgebung (z.B. Bananen und Maniok) beschaffen.
Daneben war Schweitzer unermüdlich mit dem Ausbau seines Spitals beschäftigt, der jedoch bald an Grenzen stieß. Daher errichtete er drei Kilometer flussaufwärts des Ogowe von Grund auf ein neues Spital, das er bis zu seinem Tod im Jahre 1965 bis auf mehr als 70 Gebäude erweiterte und zu dem auch ein Dorf für die Leprakranken gehört.